La particolare posizione strategica della rocca di Montefiascone ci aiuta a considerarla quale risultato finale di una antica consuetudine insediativa, volta all’osservazione e alla difesa. Le varie colture, che si sono alternate nel volgere dei secoli, vi hanno infatti lasciato tracce sufficienti a confermare una continuità stanziale che, documentata già in epoca eneolitica, si spinge sino ai nostri giorni. Purtroppo gli attuali resti del palazzo della Rocca testimoniano solo parzialmente lo splendore dell’originale fortezza papale che, sorta agli albori dell’organizzazione temporale della Chiesa, condivise per alcuni secoli le crisi e i fasti del potere pontificio.
Le origini di questa fortificazione si fanno risalire alla fine del XII sec. Con Innocenzo III il quale entrato trionfalmente in Montefiascone, tra le altre cose che operò munì la Rocca e fece disfare le case che erano tra il palazzo e il castello, ed innalzò due muri sino all’antica cinta, nella quale fece aprire una larga porta, onde il fortilizio avesse ingresso non solo comune colla terra, ma anche a se particolare (L. Pieri Buti). Interventi successivi vennero fatti realizzare da Urbano IV negli anni 1261-1262, e da Martino IV nel 1281 1 1282. Durante il periodo della crisi di Avignone la Rocca di Montefiascone costituì il centro degli affari politici dell’intero patrimonio di S. Pietro.
Il rettore, quale rappresentante del pontefice assente, vi esercitava con la più ampia autorità le sue funzioni, fra cui quella del conio della moneta paparina, e quella della convocazione dei parlamenti, cioè delle solenni assemblee di nobili, prelati, e rappresentanti dei Comuni, necessarie per comunicare le disposizioni papali e permettere l’esposizione dei vari problemi. Oltre ai rettori vi dimoravano con la loro corte i legati mandati da Avignone a riformare lo stato della provincia. Il cardinale Egidio Albornoz vi trascorse tutto l’inverno 1353 - 54 nei preparativi bellici per la riconquista del patrimonio.
Restaurata dall’Albornoz l’autorità papale, altre rocche s’innalzarono nelle città assoggettate fra cui in Viterbo, dove si trasferì il rettore del Patrimonio non abbandonando però quella di Montefiascone nella quale Urbano V gl’impose di risiedere il più possibile, essendo per la sua centralità più facilmente accessibile dalle diverse località del Patrimonio. Lo stesso Urbano V la scelse residenza estiva negli anni del suo soggiorno in Italia (1367-1370) e volle eseguirvi importanti lavori di ristrutturazione compresa la realizzazione di una grande cisterna scavata nel piazzale antistante il palazzo con accesso sotterraneo da questo, collegata con un cunicolo che usciva a molta distanza dalla fortezza.