A poca distanza dalla basilica di S. Flaviano sorge l’antico santuario della Madonna delle Grazie. Le sue origini sembrano risalire al 1333 anno in cui, come risulta da una bolla di papa Giovanni XXII, la comunità di Montefiascone, stava costruendo un ospedale sotto l’invocazione della Vergine Maria. L’ospedale rimase presso la chiesa della madonna delle grazie per quasi due secoli, fino a quando, verso la fine del XV secolo, la comunità decise di realizzare una nuova chiesa in sostituzione di quella vecchia, ormai malridotta. Abbiamo notizia che alla realizzazione del nuovo santuario collaborarono le stesse maestranze impegnate, proprio in quel periodo,  nella "fabruca" di S. Margherita. Si costruì allora un edificio a croce latina, con crociera coperta a cupola e lanterna, in rispetto alle esigenze dell’architettura rinascimentale. Purtroppo negli anni successivi, per risolvere alcuni gravi problemi di statica, si resero necessari drastici interventi sulla struttura dell’edificio.

Nel 1579 la cupola emisferica esterna, che minacciava di crollare, venne demolita e sostituita con una copertura a tetto. Nel 1695 la facciata originale, ormai pericolante, venne abbattuta e frammentariamente ricomposta più arretrata, riducendo così la lunghezza dell’aula; sono ancora visibili, all’esterno del Santuario, le nicchie originariamente situate all’interno. A questo periodo risalgono i due stemmi, del Comune e dei Servi di Maria, inseriti nelle lesene laterali della facciata e le decorazioni barocche che caratterizzano l’interno della chiesa. Gli affreschi visibili sulle pareti dell’aula sono dei primi decenni del XVI secolo e quindi coevi all’architettura della chiesa. Nel 1906, in occasione di alcuni lavoro di restauro del complesso, il Trecentesco  affresco  della Madonna delle Grazie  venne ornato da una corona d’oro gemmata. Nel 1954, anno mariano, si realizzò il monumento dedicato alla Vergine collocato nel piazzale antistante la chiesa.